為更好地促進(jìn)深圳市及其周邊地區(qū)的經(jīng)濟(jì)建設(shè)、社會發(fā)展和教育水平的提高，1999年9月深圳市政府與我國大陸及香港地區(qū)的多所名牌大學(xué)合作，創(chuàng)建了“深圳虛擬大學(xué)園”。我院和北京大學(xué)、清華大學(xué)、中國科學(xué)院、中國工程院、中國科技大學(xué)、上海交通大學(xué)、哈爾濱工業(yè)大學(xué)、中國人民大學(xué)、南開大學(xué)、香港科技大學(xué)等43所名校先后成為該大學(xué)園成員。“深圳無名校，名校在深圳”。

“深圳虛擬大學(xué)園”的建立，為促進(jìn)各名校在深圳進(jìn)行學(xué)歷教育和非學(xué)歷教育、教學(xué)實踐活動特別是研究生的課題研究及科技成果的產(chǎn)業(yè)化，提供了良好的機遇，并為入園各院校增加了直接交流、互相合作的機會，同時也為入園各院校開展國際合作、參與國際競爭提供了窗口。
2000年3月我院遵照李鐵映同志指示入駐“虛擬大學(xué)園”并于同年7月在深圳注冊成立“中國社會科學(xué)院研究生院深圳研究院”。該研究院作為我院駐深的常設(shè)機構(gòu)和教學(xué)、研究基地，已在深圳及珠江三角洲地區(qū)開展各類人文社會科學(xué)高級人才的培養(yǎng)工作和有關(guān)科研課題的研究。
為了更好地開展工作和滿足我院粵港澳地區(qū)校友們的愿望，2001年5月經(jīng)深圳市教育局批準(zhǔn)，按深圳市民政局的有關(guān)規(guī)定，正式注冊成立“深圳市中國社會科學(xué)院研究生院校友會”。校友會的成立，對增強校友的凝聚力，擴大我院在深的影響起到了積極的作用。
入駐“深圳虛擬大學(xué)園”和設(shè)立“深圳研究院”，不僅拓展了我院人文社會科學(xué)各類高層次人才的培養(yǎng)規(guī)模，而且為我院在香港、澳門地區(qū)和臺灣省招收培養(yǎng)博士、碩士研究生創(chuàng)造了更加有利的條件。
自2000年以來，深圳研究院在深圳及珠江三角洲地區(qū)開展了各類人文社會科學(xué)高級人才的培養(yǎng)工作和有關(guān)科研課題的研究。舉辦多個專業(yè)碩士研究生課程進(jìn)修班和高級研修班，為企事業(yè)單位舉辦“定單式培訓(xùn)”，參與有關(guān)深圳市科研課題的研究及論證、評審工作，承接了深圳市政府高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)園區(qū)課題《深圳虛擬大學(xué)園的發(fā)展研究》，并多次組織研究生院各系專家、教授赴深圳講學(xué)和考察。我院依托中國社會科學(xué)院專家、教授和校友會的資源優(yōu)勢，在深和校友會聯(lián)合，先后舉辦了“技術(shù)創(chuàng)新與中國”、“社科論壇”、“民營經(jīng)濟(jì)與中小企業(yè)板高層論壇”、“中國金融熱點問題高層論壇”等形式多樣的論壇與講座20多場次。先后邀請了中國社會科學(xué)院及國務(wù)院有關(guān)部委的專家、學(xué)者及香港有關(guān)專家先后來深，如李京文、文宗瑜、張宇燕、樊剛、徐雅萍、陳東琪、夏勇、白燁、羅肇鴻、張卓元、楊帆、李茂生、劉迎秋、陳文玲、李揚、王國剛、何亮亮等等專家、教授擔(dān)綱主講，在深引起了較大的社會反響，取得了良好的社會效益。